Der heutige Dom, die 1287 eingeweihte Stadtpfarrkirche St. Nikolaus, wurde bei Stadtbränden im 14. und 15. Jahrhundert schwer beschädigt. Deshalb erbaute sie 1478 Baumeister Hanns Sturm in gotischem Stil neu, weitere An- und Umbauten erfolgten bis 1520.

Der berühmte Annenaltar wurde 1521 von Wolf Huber fertiggestellt und war zunächst in der Muttergotteskapelle platziert. An die heutige Stelle kam er erst 1872/78. Nachdem die Seitenflügel in den 1820er Jahren abmontiert wurden, verloren gingen, wieder gefunden und verkauft wurden, wurden sie 2006 wieder an den Altar montiert sodass dieser nun in ursprünglicher Form besichtigt werden kann.  
Zwischen 1875 und 1961 gab es weitere Umbauten und Hinzufügungen am Gebäude des St. Nikolaus Doms, das heute unter Denkmalschutz steht.